توضیحات درس

با پیشرفت دانش و تجهیزات در علوم زیست‌شناسی به ویژه علوم سلولی و مولکولی با افزایش حجم عظیم داده‌های استخراج شده از سلول‌ها و به تبع آن موجودات مواجه هستیم. افزایش این حجم از داده‌ها و به سبب آن نیاز به ذخیره، بازیابی و تحیل مناسب این داده‌ها، موجب پیدایش علم بیوانفورماتیک گردید. این دانش نوظهور، به عنوان یک دانش بین رشته‌ای، تلاش می‌کند تا با استفاده از تکنیک‌های موجود در علوم کامپیوتر، ریاضیات، شیمی، فیزیک و علوم مرتبط دیگر، مسایل مختلف زیست‌شناختی را که معمولاً در سطح مولکولی هستند حل کند. تلاش‌های پژوهشی اصلی در این رشته عبارتند از: تطابق توالی، کشف ژن، گردآوری ژنوم، تنظیم ساختار پروتئینی، پیش‌بینی ساختارهای دوم و سوم پروتئین، پیش‌بینی بیان ژن و تعاملات پروتئین- پروتئین و مدلسازی تکامل. درس پیش‌ رو آموزش آمار و معرفی و استفاده از پایگاه‌های داده‌ با هدف تحلیل و استنتاج داد‌های زیستی برای دانشجویان دوره دکتری رشته زیست‌شناسی سلولی-تکوینی دانشگاه علم و فرهنگ بوده که در پژوهشگاه رویان جهاد دانشگاهی تدوین و تدریس شده است. این دوره شامل سه بخش: آمار، ابزار‌ها و پایگاه‌های داده و بخش سوم آموزش برنامه‌نویسی به زبان آماری R می‌باشد. زبان R برای انجام تحلیلهای آماری، رسم نمودارها و استنتاج پیام داده های زیستی بی نظیر است چرا که علاوه بر رایگان و در دسترس بودن، دارای بیش از ۸۰۰ بسته برای انجام تحلیلهای مختلف بیوانفورماتیک است. هر جلسه درس شامل دو بخش نظری (مباحث آماری و الگوریتمی) و عملی (برنامه نویسی R و آشنایی با داده پایگاه های بیوانفورماتیک) می باشد که به طور جداگانه از طریق لینکهای پایین صفحه در اختیار شما قرار گرفته اند. به منظور ارائه کیفیت مناسب تصویری، بخش‌های عملی مستقیماً از دسکتاپ کامپیوتر مدرس ضبط گردیده است. در طول بخشهای عملی درس چند فایل داده ورودی به عنوان نمونه مورد استفاده قرار میگیرد. شما می توانید با فشردن دکمه «جزوه» از جلسه اول درس، این فایلها را به صورت فشرده شده (Zip) دانلود و استفاده کنید. در طول استفاده از این دوره آموزشی می‌توانید پیشنهادات، انتقادات و سؤالات خود را با آدرس rbioinf@gmail.com یا rscle@royaninstitute.org با ما در میان بگذارید. این درس به همت پژوهشگاه رویان ضبط شده است.

درباره استاد : علی شریفی زارچی

علی شریفی زارچی دانش آموخته کارشناسی و کارشناسی ارشد مهندسی کامپیوتر از دانشگاه صنعتی شریف است. وی تحصیلاتش را در مقطع دکتری در مرکز تحقیقات بیوشیمی بیوفیزیک دانشگاه تهران در سال 1386 آغاز کرد و به عنوان پژوهشگر پژوهشکده سلول های بنیادی پژوهشگاه رویان مشغول به کار است. همچنین زمینه های تحقیقاتی مورد علاقه ایشان سلول های جنینی، بنیادی، بیوانفورماتیک، داده ساختارها و الگوریتم ها است.